remove cutoff ration.

workflow/main.nf

@@ -13,7 +13,6 @@ params.bwaIndex = params.genome ? params.genomes[ params.genome ].bwa ?: false :
 params.genomeSize = params.genome ? params.genomes[ params.genome ].genomesize ?: false : false
 params.chromSizes = params.genome ? params.genomes[ params.genome ].chromsizes ?: false : false
 params.tssFile = params.genome ? params.genomes[ params.genome ].tssfile ?: false : false
-params.cutoffRatio = 1.2
 
 // Check inputs
 if( params.bwaIndex ){
@@ -36,7 +35,6 @@ pairedEnd = params.pairedEnd
 designFile = params.designFile
 genomeSize = params.genomeSize
 chromSizes = params.chromSizes
-cutoffRatio = params.cutoffRatio
 tssFile = params.tssFile
 
 process checkDesignFile {