sc-TissueMapper_RUN.D.R

gc()
library(methods)
library(optparse)
library(Seurat)
library(readr)
library(fBasics)
library(pastecs)
library(qusage)

source("../r.scripts/sc-TissueMapper.R")

#Create folder structure
setwd("../")
if (!dir.exists("./analysis")){
  dir.create("./analysis")
}
if (!dir.exists("./analysis/qc")){
  dir.create("./analysis/qc")
}
if (!dir.exists("./analysis/qc/cc")){
  dir.create("./analysis/qc/cc")
}
if (!dir.exists("./analysis/tSNE")){
  dir.create("./analysis/tSNE")
}
if (!dir.exists("./analysis/tSNE/pre.stress")){
  dir.create("./analysis/tSNE/pre.stress")
}
if (!dir.exists("./analysis/pca")){
  dir.create("./analysis/pca")
}
if (!dir.exists("./analysis/pca/stress")){
  dir.create("./analysis/pca/stress")
}
if (!dir.exists("./analysis/violin")){
  dir.create("./analysis/violin")
}
if (!dir.exists("./analysis/violin/stress")){
  dir.create("./analysis/violin/stress")
}
if (!dir.exists("./analysis/table")){
  dir.create("./analysis/table")
}
if (!dir.exists("./analysis/tSNE/post.stress")){
  dir.create("./analysis/tSNE/post.stress")
}
if (!dir.exists("./analysis/cor")){
  dir.create("./analysis/cor")
}
if (!dir.exists("./analysis/tSNE/lin")){
  dir.create("./analysis/tSNE/lin")
}
if (!dir.exists("./analysis/tSNE/epi")){
  dir.create("./analysis/tSNE/epi")
}
if (!dir.exists("./analysis/tSNE/st")){
  dir.create("./analysis/tSNE/st")
}
if (!dir.exists("./analysis/tSNE/merge")){
  dir.create("./analysis/tSNE/merge")
}
if (!dir.exists("./analysis/pca/ne")){
  dir.create("./analysis/pca/ne")
}
if (!dir.exists("./analysis/tSNE/ne")){
  dir.create("./analysis/tSNE/ne")
}
if (!dir.exists("./analysis/violin/ne")){
  dir.create("./analysis/violin/ne")
}