From d27b44fc7ebdb4766c0e1c824b5abb2d3d7fee73 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Venkat Malladi <Venkat.Malladi@utsouthwestern.edu> Date: Fri, 2 Dec 2016 14:22:16 -0600 Subject: [PATCH] Update H3K27ac analysis. --- h3k27ac_processing.sh | 2 +- universe_enhancer_H3K27ac.bed | 62115 ++++++++++++++++++-------------- 2 files changed, 34510 insertions(+), 27607 deletions(-) diff --git a/h3k27ac_processing.sh b/h3k27ac_processing.sh index 700e993..589f794 100644 --- a/h3k27ac_processing.sh +++ b/h3k27ac_processing.sh @@ -20,7 +20,7 @@ bedops --everything /project/GCRB/Lee_Lab/s163035/Matrix_analysis_PMIT_25842977/ # get peaks that are not represented in overlap peaks for i in $(ls /project/GCRB/Lee_Lab/s163035/Matrix_analysis_PMIT_25842977/ChIP-seq/universe_h3k27ac/ES_D*narrowPeak); do bedtools intersect -v -wa -f 1.0 -r -a $i -b /project/GCRB/Lee_Lab/s163035/Matrix_analysis_PMIT_25842977/ChIP-seq/universe_h3k27ac/overlap_peaks.narrowPeak​ >> 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