From 23a3c93c6abd720ea5898a097917a2d7ddd6f925 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Venkat Malladi <Venkat.Malladi@utsouthwestern.edu> Date: Fri, 2 Dec 2016 14:21:49 -0600 Subject: [PATCH] Update H3K4me1 analysis. --- h3k4me1_processing.sh | 2 +- universe_enhancer_H3K4me1.bed | 133994 +++++++++++++++---------------- 2 files changed, 63594 insertions(+), 70402 deletions(-) diff --git a/h3k4me1_processing.sh b/h3k4me1_processing.sh index 5b44673..62f0952 100644 --- a/h3k4me1_processing.sh +++ b/h3k4me1_processing.sh @@ -20,7 +20,7 @@ bedops --everything /project/GCRB/Lee_Lab/s163035/Matrix_analysis_PMIT_25842977/ # get peaks that are not represented in overlap peaks for i in $(ls /project/GCRB/Lee_Lab/s163035/Matrix_analysis_PMIT_25842977/ChIP-seq/universe_h3k4me1/ES_D*narrowPeak); do bedtools intersect -v -wa -f 1.0 -r -a $i -b /project/GCRB/Lee_Lab/s163035/Matrix_analysis_PMIT_25842977/ChIP-seq/universe_h3k4me1/overlap_peaks.narrowPeak​ >> 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