[0KRunning with gitlab-runner 12.9.0 (4c96e5ad)
[0;m[0K on Runner_GUDMAP.RBK zQsjNk-Q
[0;msection_start:1634103492:prepare_executor
[0K[0K[36;1mPreparing the "shell" executor[0;m
[0;m[0KUsing Shell executor...
[0;msection_end:1634103492:prepare_executor
[0Ksection_start:1634103492:prepare_script
[0K[0K[36;1mPreparing environment[0;m
[0;mRunning on Nucleus009...
section_end:1634103492:prepare_script
[0Ksection_start:1634103492:get_sources
[0K[0K[36;1mGetting source from Git repository[0;m
[0;m[32;1mFetching changes...[0;m
Initialized empty Git repository in /project/BICF/BICF_Core/shared/gudmap/runner/zQsjNk-Q/rna-seq/11211/148829/.git/
[32;1mCreated fresh repository.[0;m
From https://git.biohpc.swmed.edu/gudmap_rbk/rna-seq
* [new ref] f9ecbb83c686046f1a688f74eb63dffec8b19527 -> refs/pipelines/11211
* [new branch] develop -> origin/develop
* [new branch] master -> origin/master
* [new tag] 0.0.2 -> 0.0.2
* [new tag] 0.0.3 -> 0.0.3
* [new tag] 0.0.4_indev -> 0.0.4_indev
* [new tag] 0.1.0 -> 0.1.0
* [new tag] aws -> aws
* [new tag] v0.0.1 -> v0.0.1
* [new tag] v1.0.0 -> v1.0.0
* [new tag] v1.0.1 -> v1.0.1
* [new tag] v1.0.2 -> v1.0.2
* [new tag] v2.0.0 -> v2.0.0
* [new tag] v2.0.0rc01 -> v2.0.0rc01
* [new tag] v2.0.0rc02 -> v2.0.0rc02
* [new tag] v2.0.1 -> v2.0.1
[32;1mChecking out f9ecbb83 as master...[0;m
Removing .tmp/
[32;1mSkipping Git submodules setup[0;m
section_end:1634103495:get_sources
[0Ksection_start:1634103495:restore_cache
[0K[0K[36;1mRestoring cache[0;m
[0;msection_end:1634103495:restore_cache
[0Ksection_start:1634103495:download_artifacts
[0K[0K[36;1mDownloading artifacts[0;m
[0;m[32;1mDownloading artifacts for aws (148826)...[0;m
Runtime platform [0;m arch[0;m=amd64 os[0;m=linux pid[0;m=50038 revision[0;m=4c96e5ad version[0;m=12.9.0
Downloading artifacts from coordinator... ok [0;m id[0;m=148826 responseStatus[0;m=200 OK token[0;m=NzNcj3f5
[32;1mDownloading artifacts for collect (148828)...[0;m
Runtime platform [0;m arch[0;m=amd64 os[0;m=linux pid[0;m=50068 revision[0;m=4c96e5ad version[0;m=12.9.0
Downloading artifacts from coordinator... ok [0;m id[0;m=148828 responseStatus[0;m=200 OK token[0;m=7t7PV6zw
section_end:1634103496:download_artifacts
[0Ksection_start:1634103496:build_script
[0K[0K[36;1mRunning before_script and script[0;m
[0;m[32;1m$ module load singularity/3.5.3[0;m
[32;1m$ chmod +x ./workflow/scripts/get_updated_badge_info.sh[0;m
[32;1m$ echo "Building badges"[0;m
Building badges
[32;1m$ baseImg=$(cat nextflow.config | grep -oP "container = \K.*" | tr -d "'" | sort | uniq | grep gudmap-rbk_base | cut -d"/" -f2 | cut -d":" -f1)[0;m
[32;1m$ baseVar=$(cat nextflow.config | grep -oP "container = \K.*" | tr -d "'" | sort | uniq | grep gudmap-rbk_base | cut -d"/" -f2 | cut -d":" -f2)[0;m
[32;1m$ echo ${dir}${baseImg}_${baseVar}.sif[0;m
/project/BICF/BICF_Core/shared/gudmap/singularity_cache/gudmap-rbk_base_1.0.1.sif
[32;1m$ singularity run ${dir}${baseImg}_${baseVar}.sif bash ./workflow/scripts/get_updated_badge_info.sh[0;m
collecting stats for badges
collecting tool version for badges
collecting badges
% Total % Received % Xferd Average Speed Time Time Time Current
Dload Upload Total Spent Left Speed
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 0
100 1175 0 1175 0 0 12771 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 12771
% Total % Received % Xferd Average Speed Time Time Time Current
Dload Upload Total Spent Left Speed
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 0
100 1183 0 1183 0 0 19393 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 19393
% Total % Received % Xferd Average Speed Time Time Time Current
Dload Upload Total Spent Left Speed
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 0
% Total % Received % Xferd Average Speed Time Time Time Current
Dload Upload Total Spent Left Speed
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 0
100 1183 0 1183 0 0 17397 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 17656
% Total % Received % Xferd Average Speed Time Time Time Current
Dload Upload Total Spent Left Speed
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 0
% Total % Received % Xferd Average Speed Time Time Time Current
Dload Upload Total Spent Left Speed
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 0
100 1183 0 1183 0 0 25717 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 25717
% Total % Received % Xferd Average Speed Time Time Time Current
Dload Upload Total Spent Left Speed
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 0
% Total % Received % Xferd Average Speed Time Time Time Current
Dload Upload Total Spent Left Speed
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 0
100 1178 0 1178 0 0 21814 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 21814
% Total % Received % Xferd Average Speed Time Time Time Current
Dload Upload Total Spent Left Speed
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 0
100 1178 0 1178 0 0 31000 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 31000
% Total % Received % Xferd Average Speed Time Time Time Current
Dload Upload Total Spent Left Speed
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 0
100 1174 0 1174 0 0 24458 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 24458
% Total % Received % Xferd Average Speed Time Time Time Current
Dload Upload Total Spent Left Speed
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 0
100 1202 0 1202 0 0 31631 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 31631
% Total % Received % Xferd Average Speed Time Time Time Current
Dload Upload Total Spent Left Speed
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 0
100 1178 0 1178 0 0 29450 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 29450
% Total % Received % Xferd Average Speed Time Time Time Current
Dload Upload Total Spent Left Speed
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 0
100 1184 0 1184 0 0 28878 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 28878
% Total % Received % Xferd Average Speed Time Time Time Current
Dload Upload Total Spent Left Speed
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 0
100 1182 0 1182 0 0 22301 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 22301
% Total % Received % Xferd Average Speed Time Time Time Current
Dload Upload Total Spent Left Speed
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 0
100 1210 0 1210 0 0 27500 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 27500
% Total % Received % Xferd Average Speed Time Time Time Current
Dload Upload Total Spent Left Speed
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 0
100 1194 0 1194 0 0 24875 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 25404
% Total % Received % Xferd Average Speed Time Time Time Current
Dload Upload Total Spent Left Speed
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 0
100 1186 0 1186 0 0 20807 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 20807
% Total % Received % Xferd Average Speed Time Time Time Current
Dload Upload Total Spent Left Speed
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 0
100 1156 0 1156 0 0 26883 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 26883
% Total % Received % Xferd Average Speed Time Time Time Current
Dload Upload Total Spent Left Speed
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 0
100 1182 0 1182 0 0 25695 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 25148
% Total % Received % Xferd Average Speed Time Time Time Current
Dload Upload Total Spent Left Speed
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 0
100 1200 0 1200 0 0 30769 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 30769
% Total % Received % Xferd Average Speed Time Time Time Current
Dload Upload Total Spent Left Speed
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 0
100 1174 0 1174 0 0 26681 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 27302
% Total % Received % Xferd Average Speed Time Time Time Current
Dload Upload Total Spent Left Speed
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 0
100 1178 0 1178 0 0 30205 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 30205
creating blank env badges if not tested
% Total % Received % Xferd Average Speed Time Time Time Current
Dload Upload Total Spent Left Speed
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 0
100 1219 0 1219 0 0 27704 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 27704
% Total % Received % Xferd Average Speed Time Time Time Current
Dload Upload Total Spent Left Speed
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 0
100 1207 0 1207 0 0 26239 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 26239
% Total % Received % Xferd Average Speed Time Time Time Current
Dload Upload Total Spent Left Speed
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 0
100 1197 0 1197 0 0 30692 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 30692
[32;1m$ singularity run ${dir}${baseImg}_${baseVar}.sif bash ./workflow/scripts/get_updated_rep_count.sh[0;m
collecting stats for badges
Major pipeline version for search: v2.
collecting workflow RIDs from servers
collecting unique replicates with successful execution runs
collecting badges
% Total % Received % Xferd Average Speed Time Time Time Current
Dload Upload Total Spent Left Speed
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 0
100 1257 0 1257 0 0 7265 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 7224
% Total % Received % Xferd Average Speed Time Time Time Current
Dload Upload Total Spent Left Speed
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 0
100 1257 0 1257 0 0 7526 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 7526
% Total % Received % Xferd Average Speed Time Time Time Current
Dload Upload Total Spent Left Speed
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 0
100 1243 0 1243 0 0 29595 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 29595
% Total % Received % Xferd Average Speed Time Time Time Current
Dload Upload Total Spent Left Speed
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 0
100 1239 0 1239 0 0 30219 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 30219
% Total % Received % Xferd Average Speed Time Time Time Current
Dload Upload Total Spent Left Speed
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 0
100 1255 0 1255 0 0 25612 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 25612
% Total % Received % Xferd Average Speed Time Time Time Current
Dload Upload Total Spent Left Speed
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 0
100 1243 0 1243 0 0 30317 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 30317
% Total % Received % Xferd Average Speed Time Time Time Current
Dload Upload Total Spent Left Speed
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 0
100 1215 0 1215 0 0 8100 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 8100
% Total % Received % Xferd Average Speed Time Time Time Current
Dload Upload Total Spent Left Speed
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 0
100 1203 0 1203 0 0 29341 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 29341
% Total % Received % Xferd Average Speed Time Time Time Current
Dload Upload Total Spent Left Speed
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 0
100 1215 0 1215 0 0 27613 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 27613
section_end:1634103510:build_script
[0Ksection_start:1634103510:after_script
[0K[0K[36;1mRunning after_script[0;m
[0;m[32;1mRunning after script...[0;m
[32;1m$ unset SINGULARITY_CACHEDIR[0;m
section_end:1634103510:after_script
[0Ksection_start:1634103510:archive_cache
[0K[0K[36;1mSaving cache[0;m
[0;msection_end:1634103510:archive_cache
[0Ksection_start:1634103510:upload_artifacts_on_success
[0K[0K[36;1mUploading artifacts for successful job[0;m
[0;m[32;1mUploading artifacts...[0;m
Runtime platform [0;m arch[0;m=amd64 os[0;m=linux pid[0;m=50952 revision[0;m=4c96e5ad version[0;m=12.9.0
badges/: found 39 matching files [0;m
Uploading artifacts to coordinator... ok [0;m id[0;m=148829 responseStatus[0;m=201 Created token[0;m=6e9U6Ev1
section_end:1634103511:upload_artifacts_on_success
[0K[32;1mJob succeeded
[0;m