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chr2 117765699 117770399
chr2 117765699 117770399
-chr2 117765699 117770399
chr2 118038949 118039549
chr2 118039299 118040249
chr2 118039349 118039599
@@ -2990,7 +2979,6 @@ chr3 190142249 190143049
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chr3 191612699 191618749
chr3 191613199 191618899
-chr3 191613199 191618899
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chr3 191643999 191648249
chr3 191643999 191648249
@@ -4720,21 +4708,17 @@ chrX 46230749 46231249
chrX 46492749 46492899
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-chrX 46966299 46970199
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-chrX 49935249 49936499
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chrX 49935799 49936499
chrX 49935799 49936499
chrX 51207299 51211549
-chrX 51207299 51211549
chrX 51209399 51209949
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chrX 53797449 53799799
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-chrX 54082549 54089649
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chrX 56956749 56958299
@@ -4809,7 +4793,6 @@ chrX 103015199 103015399
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-chrX 108296049 108302549
chrX 108297299 108301199
chrX 108297299 108301199
chrX 108297299 108301199
@@ -4937,14 +4920,12 @@ chrY 4212349 4212999
chrY 4212799 4212949
chrY 4391849 4393749
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-chrY 4391849 4393749
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chrY 5844699 5850099
-chrY 5844699 5850099
chrY 5844899 5846299
chrY 5844899 5846299
chrY 5844899 5846299
diff --git a/intervene_test/Intervene_results/Intervene_Shiny_App_genomic_UpSet_module_import.txt b/intervene_test/Intervene_results/Intervene_Shiny_App_genomic_UpSet_module_import.txt
index e119910c995e85ad716d85efd90974087b0d261f..b35ffed7cae5a2a929290243edba20ce2cd5c3b0 100644
--- a/intervene_test/Intervene_results/Intervene_Shiny_App_genomic_UpSet_module_import.txt
+++ b/intervene_test/Intervene_results/Intervene_Shiny_App_genomic_UpSet_module_import.txt
@@ -1,3 +1,3 @@
You can go to Intervene Shiny App https://asntech.shinyapps.io/Intervene-app/ and copy/paste the following intersection data to get more interactive figures.
-H3K27ac_enhancers=12510,H3K27ac_enhancers&H3K4me1_enhancers=55566,H3K4me1_enhancers=153327,GRO-seq_enhancers&H3K27ac_enhancers&H3K4me1_enhancers=610,GRO-seq_enhancers&H3K27ac_enhancers=257,GRO-seq_enhancers=3781,GRO-seq_enhancers&H3K4me1_enhancers=360
\ No newline at end of file
+H3K27ac_enhancers=12510,H3K27ac_enhancers&H3K4me1_enhancers=55566,H3K4me1_enhancers=153327,GRO-seq_enhancers&H3K27ac_enhancers&H3K4me1_enhancers=610,GRO-seq_enhancers&H3K27ac_enhancers=256,GRO-seq_enhancers=3765,GRO-seq_enhancers&H3K4me1_enhancers=358
\ No newline at end of file
diff --git a/intervene_test/Intervene_results/intervene_genomic_UpSet_plot.R b/intervene_test/Intervene_results/intervene_genomic_UpSet_plot.R
index 90f48b01da8d14112a09a30cf4bc4d5b27260f54..25c0f6a1493a28a2dd98843f2f4c866de94aab55 100755
--- a/intervene_test/Intervene_results/intervene_genomic_UpSet_plot.R
+++ b/intervene_test/Intervene_results/intervene_genomic_UpSet_plot.R
@@ -2,6 +2,6 @@
if (suppressMessages(!require("UpSetR"))) suppressMessages(install.packages("UpSetR", repos="http://cran.us.r-project.org"))
library("UpSetR")
pdf("/Users/venkatmalladi/Projects/PITTED/intervene_test/Intervene_results/intervene_genomic_UpSet_plot.pdf", width=10, height=8, onefile=FALSE)
-expressionInput <- c('H3K27ac_enhancers'=12510,'H3K27ac_enhancers&H3K4me1_enhancers'=55566,'H3K4me1_enhancers'=153327,'GRO-seq_enhancers&H3K27ac_enhancers&H3K4me1_enhancers'=610,'GRO-seq_enhancers&H3K27ac_enhancers'=257,'GRO-seq_enhancers'=3781,'GRO-seq_enhancers&H3K4me1_enhancers'=360)
+expressionInput <- c('H3K27ac_enhancers'=12510,'H3K27ac_enhancers&H3K4me1_enhancers'=55566,'H3K4me1_enhancers'=153327,'GRO-seq_enhancers&H3K27ac_enhancers&H3K4me1_enhancers'=610,'GRO-seq_enhancers&H3K27ac_enhancers'=256,'GRO-seq_enhancers'=3765,'GRO-seq_enhancers&H3K4me1_enhancers'=358)
upset(fromExpression(expressionInput), nsets=3, nintersects=30, show.numbers="yes", main.bar.color="#108DCC", sets.bar.color="#E62128", empty.intersections=NULL, order.by = "degree", number.angles = 0, mainbar.y.label ="No. of Intersections", sets.x.label ="No. of Unique Enhancers")
invisible(dev.off())
diff --git a/intervene_test/Intervene_results/intervene_genomic_UpSet_plot.pdf b/intervene_test/Intervene_results/intervene_genomic_UpSet_plot.pdf
index c9e51d587fa79add745491200ce62cb1e969d52c..7703ab19db1e31dff555f43dda05c2c21d946928 100644
Binary files a/intervene_test/Intervene_results/intervene_genomic_UpSet_plot.pdf and b/intervene_test/Intervene_results/intervene_genomic_UpSet_plot.pdf differ
diff --git a/intervene_test/SSP_filtered_peaks_merged.bed b/intervene_test/SSP_filtered_peaks_merged.bed
index 9b5b0fd3167c556bfb0ab5410bd0e18e8405c5b2..0715a21067def412be6ee3339218434af0615add 100644
--- a/intervene_test/SSP_filtered_peaks_merged.bed
+++ b/intervene_test/SSP_filtered_peaks_merged.bed
@@ -1,3170 +1,305 @@
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-chr9 113870599 113872999 SSP_1000403
-chr9 118242349 118243099 SSP_1001814
-chr9 118242849 118243099 SSP_1001815
-chr9 118245299 118246499 SSP_1001816
-chr9 118247649 118248049 SSP_1001817
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+chr1 9536099 9536749 SSP_3235
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+chr1 10884649 10884799 SSP_3640
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+chr1 16989499 16994149 SSP_6938
+chr1 16989499 16996299 SSP_6942
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-chr9 136379199 136379349 SSP_1008218
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-chrX 5704149 5704749 SSP_1014038
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-chrX 16893299 16894049 SSP_1018722
-chrX 16893299 16894049 SSP_1018723
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-chrX 20020899 20021649 SSP_1019652
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-chrX 41147999 41153849 SSP_1029519
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-chrX 46966599 46970199 SSP_1033084
-chrX 49935249 49936499 SSP_1034910
-chrX 49935799 49936499 SSP_1034911
-chrX 49935799 49936499 SSP_1034912
-chrX 49935799 49936499 SSP_1034913
-chrX 51207299 51211549 SSP_1035501
-chrX 51209399 51209949 SSP_1035502
-chr10 37151099 37151299 SSP_103609
-chr10 37262799 37262999 SSP_103702
-chrX 53797449 53799799 SSP_1037323
-chrX 54082549 54089649 SSP_1037622
-chrX 54087599 54088949 SSP_1037644
-chrX 56956749 56958299 SSP_1040477
-chrX 56956849 56957549 SSP_1040478
-chrX 56956749 56958299 SSP_1040479
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diff --git a/intervene_test/intervene_figure.sh b/intervene_test/intervene_figure.sh
index 956e134cd86bc46b0fc16622e03aa56e14ac0905..e7890662e3e0f38ca37ace6756df069acc11fc10 100644
--- a/intervene_test/intervene_figure.sh
+++ b/intervene_test/intervene_figure.sh
@@ -4,7 +4,7 @@
cp ../H3K4me1_filtered_peaks.bed H3K4me1_enhancers.bed
cp ../H3K27ac_filtered_peaks.bed H3K27ac_enhancers.bed
cp ../SUNP_filtered_peaks.bed .
-cp ../SUNP_filtered_peaks.bed .
+cp ../SSP_filtered_peaks_merged.bed .
cut -f1,2,3 SUNP_filtered_peaks.bed > t
cut -f1,2,3 SSP_filtered_peaks_merged.bed >> t
sort-bed t > GRO-seq_enhancers.bed